注射乙脑疫苗出现发烧39℃，应该马上到医院就诊，因为乙脑疫苗本身接种之后的反应可以出现低热，一般不超过38.5℃，如果出现了39℃，不在考虑单纯的疫苗反应。如果出现这种情况要赶紧到医院就诊，寻找孩子引起39℃的原因是什么，有可能是在疫苗之前或者是在打疫苗之后，出现其他的感染的情况，所以这个时候就不要单纯考虑是疫苗的反应。
乙脑疫苗是将乙脑病毒经过处理后打入人体内，并不是感染的反应，而是免疫反应，处理后的乙脑病毒打入人体内，会有免疫应答，产生抗体，在以后再接触这种病毒的时候就会产生免疫反应，有预防疾病的作用。所以打疫苗产生免疫反应出现的发热，一般在38℃左右，不伴有临床症状，一般1-2天会自行缓解，如果不是单纯的疫苗反应，而仅仅是在疫苗接种前后出现感染，也可以出现39℃的高热，就一定要寻找病因，针对病因进行治疗，而不是单纯的考虑疫苗反应，以免延误病情。