慢性肠炎并不是一个具体的疾病，它可以包括许多种疾病，临床上都表现为腹泻，可能都把它称为慢性肠炎，但由于疾病的不同，用药是不同的，具体如下：
1、如果是慢性感染性的肠炎，比如阿米巴感染，用甲硝唑会有效的缓解症状。
2、如果是细菌感染，针对细菌的用药，一些抗生素才能起到真正的作用。
3、如果是溃疡性结肠炎，用抗生素是不对的，应该根据溃疡性结肠炎的急性期还是缓解期，以及急性期的轻、中、重来决定用药。对轻度的活动性的溃疡性结肠炎，多用的是氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶片，或者美沙拉嗪，对于中度的溃疡性结肠炎，常常用的是糖皮质激素的治疗来诱导、缓解。对于重度的溃疡性结肠炎，需要住院治疗，首选的也是糖皮质激素，往往需要静脉输入。如果效果不好可能就需要转换治疗，这时候可以转换环孢素或者生物制剂，如英夫利西，但是也有患者应该建议手术治疗。对于缓解期的溃疡性结肠炎，需要给予美沙拉嗪的维持治疗，部分患者维持不住，可能需要硫唑嘌呤的维持治疗。
由此可见，慢性肠炎根据不同的疾病，用药是不同的。