治疗角膜炎的眼药水较多，不同原因引起的角膜炎所用的眼药水不同，比如细菌感染引起角膜炎的眼药水，如氧氟沙星滴眼液、左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液、加替沙星滴眼液、阿奇霉素滴眼液等。治疗病毒感染引起的角膜炎，常用的药物有更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、安西他滨滴眼液等。
治疗真菌感染引起的角膜炎，则需要给予抗真菌的药物，常用咪康唑滴眼液、氟胞嘧啶滴眼液、那他霉素滴眼液、二性霉素B滴眼液等。治疗免疫性角膜炎，则需要使用糖皮质激素或胶原酶抑制剂，比如氟米龙滴眼液、半胱氨酸滴眼液等。