角膜炎与结膜炎都是眼科常见疾病，但是两者的治疗有一定差异。结膜炎需要及时给予抗感染治疗，例如细菌感染造成的结膜炎，可以点左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液治疗。病毒感染造成的结膜炎，可以点更昔洛韦滴眼液、重组人干扰素α2b滴眼液治疗。
角膜炎除了要给予抗感染治疗，还需要使用药物来促进角膜损伤的修复，例如常用的有重组牛碱性成纤维细胞生长因子滴眼液、重组人表皮生长因子滴眼液、小牛血清去蛋白提取物眼用凝胶等。在炎症经过抗生素治疗得到有效控制时，还可以加用激素药物来减轻角膜瘢痕的形成，以免对视力造成影响，例如可以使用氟米龙滴眼液。