新生儿梅毒的治疗要注意三点，具体如下：
第一、一般的措施，主要是包括新生儿如果确诊为梅毒，必须及时隔离，以防传染给其他患儿或者是感染其他的疾病；
第二、新生儿梅毒确诊后，必须要及时排除有无神经梅毒，也就是要做脑脊液的检查，一般情况下新生儿梅毒的治疗疗程在两周左右，主要选择的药物是青霉素；
第三、如果梅毒患儿在完成一个疗程之后，必须在出院的2、4、6、9、12个月追踪观察血清学的实验，如果血清学的实验抗体滴度逐渐下降，最终阴性，这时可以停止追踪。如果有神经梅毒，六个月之后需要再复查脑脊液，治疗六个月内，血清滴度没有出现四倍下降，应该考虑治疗失败或者是再感染，可根据复发的情况来重复治疗，剂量应该加倍，梅毒治疗早期发现预后都比较好，如果治疗过晚，病情严重的婴儿可能会发生死亡。