免疫组化是病理诊断中常用的检查手段，显微镜下无法判断细胞或者组织的来源时，可以进一步加做免疫组化来判断肿瘤的来源与良恶性的鉴别。有时显微镜下判断为癌细胞，又无法进一步明确病理分型，加做免疫组化还可以进一步明确，比如鳞癌、腺癌、小细胞癌等。
做淋巴结活检时，确定为癌后为寻找原发灶也需要做免疫组化来判断原发部位。免疫组化也可以作为恶性肿瘤诊断与鉴别诊断的重要依据，在判断良性肿瘤时也需要查免疫组化来确定。加做免疫组化不代表病情的轻重，而是为明确病理类型所做的必要检查手段。