骨髓移植捐献者的后遗症与骨髓移植选择的方式密切相关，在过去一般做骨髓移植，先要进行全身麻醉，以双侧髂后上棘为穿刺点，多部位多层次的进行穿刺，以取得足够量的骨髓液，这种情况下可能出现的后遗症包括麻醉以后的副作用，同时如果在操作的过程当中没有做到正规的无菌消毒，也容易造成穿刺部位发生感染，这是过去骨髓移植捐献最容易出现的并发症。
现在多采用外周血造血干细胞动员的方式采集，目前这种情况下，有一个比较明显的后遗症，就是捐献者捐献骨髓造血干细胞以后，有的会出现轻度骨骼疼痛的情况，但是往往在短时间内就会明显消失，一般不会影响很长时间，没有其他的比较明显的后遗症。