小便时尿道内疼痛，需要到医院进一步检查，明确可能的病因。
1、急性尿道炎或者膀胱炎，会出现排尿时尿道疼痛，并伴有尿频、尿急或者小腹部疼痛等。需要进行尿液常规检查，如尿液中出现白细胞数目升高或者细菌数升高，则可以确诊，需要进行抗感染治疗。
2、尿道结石，可以出现排尿时尿道内刺痛，伴有尿道内异物感或者排尿费力等症状
如有结石病史的患者，则需要高度怀疑尿道结石的可能。需要进行尿道镜检查，如确诊存在有结石，则需要进行尿道镜下取石或者碎石处理。
3、性传播疾病，如淋病、非淋球菌性尿道炎等，都可以出现尿道黏膜的炎性改变。还可伴有尿道口流出黄色或者白色的脓性分泌物，多见于不洁的性接触后。需要进行分泌物的相关检查，确诊后需要进行抗感染治疗