硫酸氨基葡萄糖和盐酸氨基葡萄糖的区别在于与氨基葡萄糖结合的酸根不同，它们都是用于治疗和预防骨关节炎的药品，不能笼统的说哪个药更好。盐酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖在治疗骨关节炎方面的有效性和安全性评价研究显示，这两个药在缓解膝关节疼痛、减轻肿胀以及改善关节活动方面是相似的，总的有效率相似、疗效相当、安全性相当，都不良反应轻微，病人的耐受性都很好。
药理学研究显示，两个药的生物利用度、平均血浆峰浓度都没有统计学差异，其实体内真正对关节起作用的是氨基葡萄糖，但是氨基葡萄糖必须和酸成盐后才能做成药，因此就出现了盐酸氨基葡萄糖和硫酸氨基葡萄糖两种药。这两种药均为处方药，都需要在医生指导下合理使用。