发生口腔溃疡后，实际上没有特别有效的方法可以根治口腔溃疡。口腔溃疡发生后，患者应保证口腔溃疡面的清洁，实行综合调理和治疗，主要的治疗目的是减轻疼痛、促进愈合。一定先要保证溃疡面的清洁，轻度口腔溃疡患者可以不用药。中度口腔溃疡患者可以用一些外用的药物进行治疗，外用药物包括康复新漱口水、口炎清颗粒冲剂、开喉剑喷雾剂，及糖皮质激素类软膏进行外用。
对于溃疡时间较长、疼痛比较剧烈，或者经常发生口腔溃疡的患者，也可以口服维生素B或者维生素C，进行口腔溃疡的辅助治疗，可以提高机体免疫力，预防口腔溃疡的再次发作。