全飞秒激光手术主要是全程的使用飞秒激光，在角膜的基质层制作透镜之后，通过2-3mm左右的小切口将透镜取出，就完成矫正近视、提高视力的手术。通常手术是比较成熟的，绝大多数人都能收获比较理想的视力。
但是手术都是有风险的，如果是发生意外会导致手术效果的下降，但是全飞秒手术很难谈得上失败，如果有后遗症或者风险是可以提一提的。可能术后的视力不理想，或者有残余的近视度数，通常与术后的恢复或者术前的测量有一定的关系。
术后可能还会有干眼、眩光或者夜视力下降的情况，与激光切削角膜所导致的不均衡有关系。通过术后的恢复，大部分人都能恢复正常或者是轻度的异常，多数不影响正常的生活。
还有一种比较危险的可能会发生圆锥，角膜散光失代偿、散光会逐渐的增大视力下降比较凶险的后遗症，通常的发病率是1/2000-1/2500左右。一般来说需要交联手术或者是角膜移植，才能够解决问题。