新冠肺炎的检测，采取上呼吸道和下呼吸道的标本进行检测。目前常用的检测方法是取咽拭子或鼻拭子，进行冠状病毒的核酸检测。因为咽拭子方便、简单、易行，用于大量人群的排查。核酸检测还可以根据患者的不同情况，取痰液、支气管肺泡灌洗液进行检测，目前认为核酸检测相对准确。
对于鼻咽拭子新冠病毒检测阴性者，又有症状和流行病接触史者，还可以进行新型冠状病毒特异性抗体IgM和IgG的血清学检测，以提高诊断率。然而在发病初期的一周内，IgM和IgG的阳性率不高，同时由于一些疾病等因素可以出现假阳性，因此不能单独作为诊断依据。另外对于高度怀疑的患者，还可以进行肺部CT的检查。