射频消融手术的并发症主要有心脏穿孔和心包填塞。有一些患者也有可能还会发生感染性的心内膜炎，以及可能会出现各种类型的心律失常。比如可能会出现室性心动过速、心房纤颤，甚至可能发生室颤。还有一些患者在操作过程中，或者是术后会出现迷走反射。这种情况患者可以表现为心率减慢、血压下降、意识模糊，严重的人甚至可能会出现呼吸、心跳的骤停。还有一些患者可能会出现主动脉瓣的关闭不全，还有一些人也有可能会出现过敏反应，严重的过敏反应可能会导致患者出现过敏性的休克，喉咙痉挛等。