做胃镜会出现咽喉不适、恶心、呕吐、胃部疼痛等感觉。胃镜检查时首先要患者口服麻醉药物，在麻醉药物起效后，将装有摄像头的内镜置入到胃内，对上消化道系统进行观察。内镜在通过食管过程中会对食管部位造成一定的损害，尤其是食管上存在有堵塞现象的人，甚至还会出现进入困难的表现，不少人会因为出现咽喉不适，内镜在胃内进行观察的期间会对胃壁黏膜造成一定的损伤，部分人会因为内镜造成的刺激导致胃壁痉挛、收缩，从而出现恶心、呕吐等症状。
在麻醉的药物的效果消失之后，部分人会出现胃部疼痛不适症状。胃镜检查是属于有创的检查方法，如果无法耐受胃镜检查引起的痛苦，可以在检查时选择无痛胃镜检查，这种检查方法是在无意识的状态下进行，因此不会引起不适反应。