高原反应的根本原因是乏氧，因为在高原地区，随着海拔高度的增加，大气压逐渐降低，氧分压也会随之降低。在海拔低的地区，氧分压大约在21%左右，高原地区的氧分压会降低很明显，特别是超过2500米的高原。人体在乏氧的状态下会造成组织、器官的缺血、缺氧，特别是对脑和肺部的影响更大。严重者可能会出现高原性脑病和高原肺水肿，这2种疾病如果不经过积极治疗，有可能会危及患者生命。另外，人对高原反应可能会有个体差异，而且高原反应和寒冷、过度疲劳和上呼吸道感染都有相关性。同样的1个人，如果有以上3种情况，可能更容易出现高原反应。