脑干梗塞如果病灶较小，就医较及时，部分患者恢复较好，可不遗留明显的后遗症状。但是脑梗塞不属于治愈性疾病，脑梗塞患者有复发的风险存在。
因此，对于脑干梗塞患者，需掌握患者有无风险因素，以及基础疾病，如监测血压、血糖、血脂，测血同型半胱氨酸浓度，做超声心动图和24小时动态心电图等检查，以明确脑梗塞的高危因素。同时脑干梗塞病人需长期服用抗血小板药物，如阿司匹林、氯吡格雷以及他汀类药物进行治疗，以尽量减少复发的风险。