基底节区腔梗主要形成的原因是脑动脉的小血管硬化而引起的，所以临床上治疗主要就是给予抗血小板聚集，通常使用阿司匹林联合硫酸氢氯吡格雷双联抗血小板聚集，同时给予患者改善脑部血循环以及促进脑神经功能恢复的药物，改善脑部血循环一般使用舒血宁、疏血通、丹参川芎嗪、血栓通这一些药物静点。
神经保护的药物主要是使用依达拉奉、脑蛋白水解物注射液进行治疗，同时要给予患者使用一些阿托伐他汀钙片降脂、稳斑、保护血管内皮治疗，在急性期的时候通常不做降压处理，如果血压超过180-100mmHg，则使用降压药物。