男科泌尿外科是临床上两个十分重要的分支学科，通常泌尿外科包含有男科，在很多地市级的医院通常没有专门的男科，而是在泌尿外科所包含。对于大型的医院，专业分化比较细，通常男科会从泌尿外科中分支出来。
男科和泌尿外科所诊治的疾病是有区别的，泌尿外科一般诊治泌尿系统的疾病，泌尿系统的器官主要包括肾上腺、肾脏、输尿管、膀胱等泌尿系统的器官。
而男科主要诊治的疾病是男性性功能障碍以及男性生殖道的疾病，比如说阳痿、早泄、生殖道的疾病，如前列腺炎、精囊炎、尿道炎以及男性不孕不育等。