淋巴细胞性甲状腺炎的治疗主要是治疗相关的功能异常，同时如果存在淋巴细胞性甲状腺炎引起的甲状腺过度的增大，或者是伴随着恶性病变，需要手术治疗。淋巴细胞性甲状腺炎临床最常见的是慢性淋巴细胞性甲状腺炎、桥本甲状腺炎，诊断以后是否治疗主要是根据甲状腺功能是否存在着紊乱。
如果出现甲状腺功能亢进，需要抗甲状腺药物治疗，使得甲状腺功能由高恢复到正常。如果淋巴细胞性甲状腺炎造成甲状腺损害，甲状腺功能减退，需要使用左甲状腺素替代治疗。如果是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，甲状腺明显肿大，有压迫症状，出现呼吸困难、吞咽困难、声音嘶哑，如果合并恶性的病变，如甲状腺癌，明确诊断以后需要进行手术治疗。