Hpv疫苗二价、四价和九价的区别，主要是针对病毒亚型的种类和数量。HPV病毒有许多的亚型，至少还有30种与生殖道的黏膜感染有关系，其中还有高危型和女性的宫颈癌发生有密切的关系，特别是HPV16和18。
二价疫苗就是针对16和18亚型的，四价疫苗除16和18型以外，还增加了6和11型。九价疫苗除四价的HPV疫苗以外，还包含其他的亚型，例如31、33、45、52和58的HPV。二价疫苗可以预防70%以上的宫颈癌，四价疫苗可以预防70%以上的宫颈癌和90%以上的生殖器疣，九价疫苗可以预防90%以上的宫颈癌和生殖器疣。