不同类型的侏儒症治疗方案不同。首先应明确病因，对于生长激素缺乏性侏儒症主要采用基因重组人生长激素替代治疗，治疗年龄越小效果越好。对于继发性侏儒症，需要先治疗原发疾病。
一、药物治疗
1、重组人生长激素：对于生长激素缺乏性侏儒症主要采用基因重组人生长激素替代治疗，开始治疗年龄越小效果越好。以第一年效果最好，身高增长可达到10cm~12cm/年以上，以后生长速率可有下降。治疗的副作用少见，主要有注射局部红肿，少数患者注射后数月会产生抗体，出现暂时性视盘水肿、颅内高压等。
2、性激素：性激素可应用于骨龄达到12岁伴有性腺轴障碍的生长激素缺乏患者。
3、生长激素释放素激素：生长激素释放激素可应用于下丘脑生长激素轴受损的患者。
二、手术治疗
对于颅内肿瘤导致的继发性侏儒症，首选经颅或蝶窦手术切除肿物，去除病因，颅内高压患者应先降颅压至正常后再手术。合并畸形的患者可通过手术矫正。