亚临床甲状腺功能减退症的主要危害如下：
第一、血脂代谢异常，亚临床甲状腺功能减退症可以引起总胆固醇、低密度脂蛋白明显升高。
第二、心血管系统受累，心脏超声检查可以看到左心室收缩与舒张功能的异常。
第三、肌肉和骨骼系统改变，可以有骨骼肌的轻度损伤。
第四、神经系统受损，抑郁症发病率明显增高，情感和认知障碍发生率也比较高。
第五、妊娠，妊娠妇女可以使流产、早产和难产的发生率增高。
第六、新生儿的异常，亚临床甲状腺功能减退症母亲所生育的儿童，其神经、心理发育可以出现延迟或异常。