生殖器上长了小水疱，建议到医院进一步检查，明确引起小水疱的原因后对症处理。1、如果检查确诊是疱疹病毒感染引起，建议静脉滴注更昔洛韦注射液0.25g，每日两次，连续使用一周，局部小水疱的区域可以外涂阿昔洛韦软膏少许，每日三次，连续外涂7-10天。2、如果因为过度摩擦或者过度刺激引起张力性的水疱，可使用碘伏溶液进行局部消毒，水疱较大者可采用无菌的注射器，将水疱内的疱液液抽吸干净即可，停止相关的刺激后水疱可逐渐消失。3、如果因为局部急性过敏而引起的小水疱，可以外涂糠酸莫米松乳膏少许，每日三次，观察水疱消退的情况。4、如果是细菌感染引起的局部反应，建议外涂红霉素软膏或者百多邦软膏少许，每日三次，连续外涂3-5天，观察症状改善的情况。