胚胎发育不好以后，多久会自然流产，要根据胚胎染色体异常和孕妇的情况，或者停经时间多久来决定，不是每个胚胎停止发育以后都会自然流产。具体情况下，一般孕早期，也就是生化妊娠。什么叫生化妊娠？妊娠以后，查血HCG是阳性，查尿也都确认是怀孕，但是B超没有胎囊，这时候叫生化妊娠。生化妊娠，一般怀孕30-40多天就会自然流产。
如果自身染色体正常，可能流产的时间就会比较长。部分胚胎停止发育，有时候不会自然流产，所以一定要到医院去做检查，选择终止妊娠的方法。胚胎停止以后要观察，但不能观察太久，一般7-10天查血、血孕酮、查B超，看还活不活、还好不好。如果已经确诊胎停育，就要做人工流产。