在怀孕期间出现支原体衣原体的感染，处理的措施主要包括以下几个方面：
第一、需要注意休息，多饮水、多排尿，禁忌辛辣、刺激性食物。
第二、需要进行详细的检查，明确具体的病原微生物类型。
第三、如果患者存在相应的临床症状，可以采用相应的治疗措施，比如尿频、尿急的患者，可以应用α受体阻滞剂；尿痛的患者可以应用布洛芬。
第四、如果患者存在发热等相应的症状，可以应用相应的退热药物。
第五、需要应用相应的抗生素来进行抗菌消炎治疗，常用的有阿奇霉素、罗红霉素等。
任何药物以及处理措施的应用，都需要考虑到对胎儿的影响，尽量减少这种影响。