治疗灰指甲的最佳方法就是内服和外用抗真菌的药物进行治疗，灰指甲是由皮肤癣菌等致病真菌感染甲板所引起的病变，所以使用抗真菌药物治疗对症。
如果是轻度的没有侵犯到甲根或者是累积指甲数目不多的，可以选择外用抗真菌药物治疗，常见的包括阿莫罗芬擦剂、环吡酮胺擦剂等，以上药物都具有较强的渗透能力，能够杀灭甲板当中的致病真菌，所以效果不错。
严重的灰指甲可以考虑口服抗真菌药物，常见的包括伊曲康唑、特比萘芬、氟康唑等，已经经过多年的验证证明是安全、有效的治疗灰指甲的抗真菌药物。只要能够遵照医嘱，足疗程的使用，大多数灰指甲最终都可以被治愈。当然，在治疗过程中还是要注意局部的清洁消毒，避免真菌的再次感染导致灰指甲复发。