镜下血尿常常需要找到血尿的来源，可以做相差显微镜检测。通过相差显微镜检测可以找到镜下红细胞来源，如红细胞为变形红细胞，提示肾前性或肾性血尿，由于各种原因导致的肾炎，如IgA肾病等引起的血尿。
如果病人为没有变形的红细胞引起血尿，常常提示泌尿系结石、泌尿系肿瘤，或泌尿系炎症导致的血尿。如果为肾后性血尿，病人需要做CTU检查，通过CT尿路成像可以找到出现镜下血尿的原因。