如果肺栓塞咳嗽剧烈影响休息和睡眠，可口服止咳的药物，例如肺力咳合剂、苏黄止咳胶囊、复方甘草片、右美沙芬等等，同时应该完善相关检查，评估有无致病微生物的感染。
如果患者合并细菌感染，可使用抗生素进行治疗。如果患者有非典型致病菌的感染，可使用大环内酯类的抗生素或者喹诺酮类的抗生素，完善D-二聚体、心脏彩超、凝血系列等相关检查。
如果患者有肺栓塞的急性期，要根据病情考虑溶栓，进行抗凝介入或者手术治疗。