无痛肠镜检查的副作用，主要考虑做肠道无痛检查时所应用的麻醉药品，及其他检查时所配合使用的镇静、镇痛等药品，对人体产生的副作用。可以对人体的循环系统和呼吸系统产生短暂的抑制作用，无痛肠镜检查时所应用药品，可使人体的呼吸和心率减慢，使血压降低。有些患者在清醒后可出现短暂的恶心、呕吐、疲倦、乏力，出现判断能力、平衡能力以及身体协调能力的降低，副作用经过休息麻醉药品完全代谢掉后，很快就可以恢复，不必有任何担心，无痛肠镜检查是比较安全的。