卵巢巧克力囊肿在临床上主要是指子宫内膜异位症异位在卵巢，那么异位症的病灶会随着子宫内膜周期性的出血。这种出血淤积在卵巢组织之内，天长日久就变成了陈旧性出血，每次来月经都会有少量的出血，这样就在局部形成了囊肿，这是子宫内膜异位症的一种。
在临床上不仅会引起巧克力囊肿，还会有痛经的症状，另外还表现为不孕不育。如果发现巧克力囊肿，建议及时的给予手术进行治疗，不然随着囊肿的进一步增大，有可能囊肿表面压力增大导致局部破裂，后果会非常严重。所以一旦发现建议在月经干净3-7天去医院做腹腔镜手术，也可以做开腹手术，以达到治愈的目的。