先天性心脏病患者由于合并心功能不全、心衰的症状，容易出现肺淤血，容易感染肺炎，这个时候需要根据病原体类型进行肺炎的治疗。
如果考虑细菌感染导致的肺炎，需要给予广谱的抗生素进行治疗，比如阿莫西林、头孢克肟、左氧氟沙星、莫西沙星等治疗。
如果考虑呼吸道病毒感染，如呼吸道合胞病毒、腺病毒感染，还可以给予利巴韦林治疗。
如果考虑流感病毒引起的肺炎，可以给予奥司他韦进行治疗。一般在抗微生物治疗的基础上还需要给予强心、利尿治疗心衰，这样才有利于肺炎的恢复。