小孩青光眼是遗传因素造成的，原发性婴幼儿型青光眼主要的遗传方式是常染色体隐性遗传。青少年型青光眼，多表现为外显率较低的常染色体显性遗传。目前已证实婴幼儿型青光眼与细胞色素4501B1基因的突变有关，直接影响了房角的正常发育和功能。
而青少年型青光眼则存在于小梁网及睫状体等眼组织的Trgr基因的突变有关，引起蛋白功能的异常，导致房水的排泄不畅，使眼压升高，最终导致视神经损害和视野缺失，可见于新生儿期、婴儿期、儿童期，甚至青年期。先天性青光眼分为以下三种类型：原发性婴幼儿型青光眼、青少年型青光眼、合并其他先天异常的青光眼，通常以三岁作为婴幼儿型青光眼与青少年型青光眼的年龄分界。