房颤的原因有很多，主要包括心脏疾病和内分泌系统疾病。
心脏疾病是房颤的最主要原因，常见的有风湿性心脏病、瓣膜性心脏病、扩张性心脏病、肥厚性心肌病、缺血性心脏病、心力衰竭等。此外，长期高血压患者，一旦出现心脏扩大，引起高血压性心脏病，也容易发生房颤。
内分泌系统疾病也是容易引起房颤的，最常见的疾病是甲状腺功能亢进，因为当发生甲亢的时候，人体内交感神经兴奋性增强，会导致心肌细胞的兴奋性增加，容易出现心律失常。随着年龄增长，心脏功能退化、心肌细胞纤维化，也是房颤的发病原因，还有少数的房颤患者是查不到任何原因的，这类患者称为特发性房颤。