头疼眼睛疼，原因也非常复杂。有眼科疾病的原因，有颅内、颅外的原因，也可能有全身性重大疾病的原因。
眼科的疾病青光眼，就可有头疼眼睛疼。三叉神经痛，特别是三叉神经第一支（眼支）可以引起头部的疼痛，眼睛疼痛等。颅内的病变，如脑血管病，占位（肿瘤），炎症等，都可以造成头疼、眼睛疼的症状。全身性的重大疾病，如动脉硬化、高血压，也可以引起头疼、眼睛疼。
总之，头疼眼睛疼这仅仅是一个临床上的症状，可能是各种各样疾病症状的表现之一。根据头疼眼睛疼再参考其他的症状和体征，以及临床检查的结果进行分析，才能作出正确的判断，一定要诊断清楚以后，在医生的指导下进行综合治疗。