支气管镜是临床上常用的肺部检查之一，已广泛用于气道、肺组织等胸部疾病的诊断。此项操作最常用于明确肺部占位性病变的性质，特别是靠近肺门中央者，以及肺不张、阻塞性肺炎、气管支气管狭窄等原因未明者。
对于不明原因致病菌感染的肺部感染，特别是肺结核的病人，通过气管镜的刷检、涂片、培养、灌洗等取得病原学的依据。对于不明原因或治疗效果不佳的咳嗽、痰中带血或咳血，通过气管镜还可以寻找可能的病因以及出血的部位。有时支气管镜还用于检查有无异物的存在，并视情况予以取出异物和吸取异常的分泌物等，当然支气管镜的镜下治疗也广泛开展。