男性生殖器长水疱可以通过局部涂抹盐酸利多卡因软膏来进行治疗，男性生殖器长水疱是因为患有生殖器疱疹，是由于疱疹病毒感染所引起的，大多数可以通过性生活进行传播。
患有生殖器疱疹时还需要口服抗病毒类的药物，比如常见的阿昔洛韦、泛昔洛韦、伐昔洛韦等，局部可以用生理盐水进行清洗，保持相对卫生和干燥。
如果生殖器水疱出现破溃而导致感染，这时可以用红霉素软膏进行配合治疗，如果没有出现感染可以选择盐酸利多卡因软膏进行治疗。
在治疗期间要绝对禁止性生活，如果一周以后依然没有任何效果，建议及时到医院针对分泌物进行检查，然后遵照医嘱进行治疗。