肚脐疼与小肠炎、结肠炎、寄生虫等疾病有关，部分人是由于脐炎导致。小肠在出现炎症时，不仅小肠对营养物质的吸收功能会受到障碍，同时小肠黏膜还会因为炎症而伴随疼痛。由于小肠部位是在肚脐周围，因此患者会伴随肚脐眼周围疼痛。结肠位于肚脐四周，当结肠出现炎症时肠黏膜就会因炎症刺激而引起疼痛。并且还会在炎症刺激下活动速度加快，患者会出现粪便稀稠等。寄生虫主要在人体回肠下端、结肠部位生存，肠道寄生虫感染的患者也会出现肚脐周围疼痛，并且以绞痛为主。部分人肚脐疼痛属于表面皮肤疼，其与脐炎有直接关系。由于局部皮肤受到感染而引起疼痛，需要使用抗生素药膏涂抹治疗。