甲减的病因在临床上最常见的原因是甲状腺炎，大部分是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也就是桥本甲状腺炎。
长期甲状腺慢性炎症导致的甲状腺破坏，导致甲状腺激素合成不足，出现甲状腺功能减低引起甲减，常见于甲亢治疗以后，尤其是放射性碘-131治疗甲亢以后，出现甲状腺功能减低。
甲状腺手术如甲状腺结节、甲状腺癌、甲状腺腺瘤等术后，患者甲状腺被全切或部分切除以后，甲状腺功能会出现功能减低。
甲状腺的合成原料不足如碘缺乏地区，因为甲状腺合成激素需要碘的参与，因原料不足导致甲减，这些都是甲减比较常见的原因。