吉尼环的主要副作用表现为不规则的阴道流血，主要可能会出现经量增多、经期延长或者少量点滴出血，一般不需要处理。在放环以后的3-6个月症状比较明显，一般3-6个月以后，大部分人会逐渐的恢复，少数患者放置吉尼环以后，可以出现白带增多，伴有下腹部的胀痛，也就是出现腰酸、腹痛，甚至会引起感染的症状。
因为吉尼环还有尾丝，所以如果不注意卫生，引起阴道炎症，就有可能通过尾丝导致上行性感染的概率增加，从而引起子宫内膜炎，甚至于盆腔炎。吉尼环的主要作用是使子宫内膜变化，不利于受精卵的着床，使宫颈黏液变稠，不利于精子穿透，避孕有效率达到了95%以上。