怀孕46天孕囊大小约为3厘米左右。这时做B超检查可以看到胎芽，有的已经有胎心搏动，并不是每个人月经都非常规律，有的人生活饮食不调或者情绪不稳定都会影响月经，导致月经提前或者推迟，受孕时间有所差异，孕囊大小也会有偏差。
只要孕囊大于2.4厘米，检查没有其他异常就是正常的，表示发育正常，需要增加足够的营养，保证充足的休息时间。
如果孕囊过小，与怀孕天数不符合，就要听从医生的建议做详细检查，查看是否发育异常或者停止发育，根据实际情况进行相关治疗，孕早期不宜太劳累，不能够进行剧烈运动。