手足口病疫苗，主要是针对肠道病毒71型感染引起的手足口病起预防作用，与其他预防针一样，接种后不会发烧。少部分孩子可能会出现预防接种反应，引起低烧反应，也不会有其他的临床不适症状。此情况下不需要特殊处理，只要适当多喝温水、多观察即可。
如果打完手足口病疫苗后机体产生免疫力，抵抗力暂时性下降，孩子继发病毒或者细菌感染可能会发烧，而且可能会反复发高烧。此时应该到医院就诊、检查，如果有细菌感染的依据可能会用到抗生素，如阿莫西林等，如果只是病毒感染要对症治疗。