妇科彩超一般需要憋尿，需要等待的时间较久，通过超声波在下腹部来观察女性子宫的外形、大小，是否有肌瘤、卵巢囊肿、盆腔积液等情况。而阴道彩超不需要憋尿，需要排空膀胱后才可以检查，在阴道内放入一个探头来观察盆腔内的情况，与妇科彩超观察的项目相同，但是对于观察女性的子宫内膜厚度，以及是否有宫外孕的情况、卵泡的发育情况，观察的比妇科彩超要清楚一些。
如果女性在怀孕后想保胎生育，最好是做妇科彩超，不会对胚胎造成不利的影响。而如果是做阴道的超声检查，某些情况下可能会导致子宫腔感染，或者出现先兆流产的情况，进而出现出血和腹痛的情况。