孩子囟门早闭可能会引起患小头畸形的风险，孩子大脑先于身体发育，所以出生时头很大。如果孩子囟门闭合过早，会限制孩子大脑发育，导致孩子智力发育落后，以及语言、行为发育障碍。
但是孩子囟门早闭后如果头围继续增大，而且在正常值范围内，不会影响孩子大脑发育。因为即便孩子囟门闭合了，头骨其他骨间隙可能还存在，没有影响头围的正常增长。所以孩子囟门早闭是否属于疾病状态，需要结合孩子头围大小及增长情况、有无骨缝隆起等综合考虑。