青霉素毒性比较低，杀菌作用强但不耐酸和酶，易产生耐药性。青霉素能够抗菌的范围较窄，容易引起过敏反应，严重者甚至发生过敏性休克，表现为呼吸困难、四肢冰冷、血压下降、昏迷，抢救不及时可能危及生命。
青霉素对革兰氏阳性菌作用强，针对革兰氏革兰氏阴性菌弱，对正在繁殖期的细菌作用强，对没有处于繁殖期的细菌，以及人和动物毒性小，对真菌无效，不宜与氯霉素、四环素，以及大环内酯类等合用。
应用时青霉素现配现用，详细询问病史避免饥饿时给药，尽量查明细菌类型再用避免青霉素滥用，做皮肤过敏试验阳性者不能使用。