新型冠状病毒核酸检测假阴性概率比较高，但尚无明确的数据报道。假阴性的影响因素可能与病程、标本采集和检测试剂有关。所以为了提高阳性率，在标本采集时应该规范采集，标本采集之后应该尽快送检。
另外，下呼吸道的分泌物阳性率会更高，所以可以用痰液进行核酸检测，痰液的阳性率要高于鼻咽拭子，高于咽拭子。对于高度怀疑的新型冠状病毒感染者，如果反复检测都是阴性，还可以考虑特异抗体IgM和IgG的检测来配合诊断。