卵巢妊娠的临床治疗方案是个体化治疗，临床治疗中需要根据患者的妊娠周数、出血程度及生育状况等因素拟定个体化的治疗方案。病情紧急的需要手术治疗，症状轻微可酌情药物保守治疗。
一、药物治疗
1、肌注甲氨蝶呤，也可以通过腹腔镜直接将甲氨蝶呤注入卵巢妊娠部位。
2、其它药物治疗有前列腺素、PGF-2α、PGE-2、50%葡萄糖液等，经腹腔镜或B超介导注入卵巢孕囊或黄体中。若在保守性药物治疗期间，β-HCG持续升高或发生急性内出血，仍需手术治疗。
二、手术治疗
1、由于卵巢没有肌性组织，仅有一层纤维组织，加上卵巢血管丰富，一旦发生妊娠后，极易破裂出血。通常以急腹症收入院，拟诊异位妊娠而行剖腹手术或腹腔镜手术。若术中证实为卵巢妊娠，原则上应做卵巢楔形切除，然后缝合，标本送病检。从理论上说，卵巢楔形切除或修补后仍有滋养细胞残留之可能，故术后仍应连续行β-HCG监测随访至正常为止。
2、近年来，由于电视腹腔镜手术的广泛应用，在卵巢妊娠未破裂或破裂口不大，患者血流动力学较为平稳，在做腹腔镜检查时或术前已确诊为卵巢妊娠者，则宜在腹腔镜下做卵巢楔形切除或孕囊剔除+创面电灼或内凝。卵巢妊娠做腹腔镜手术，其结果十分满意，故认为早期的卵巢妊娠经腹腔镜手术明显优于剖腹手术。若卵巢破坏严重，几乎无正常卵巢组织，需进行卵巢附件切除术，将患侧卵巢及输卵管切除，避免再次宫外孕。