胆囊萎缩一般建议要手术治疗，特别是当萎缩性的胆囊中合并有胆囊结石，或者胆囊息肉等病变时，更是建议要手术治疗。胆囊萎缩主要原因是因为胆囊结石，或者胆囊息肉长期的炎症反应，从而导致了胆囊壁增厚，以及胆囊瘢痕挛缩，从而导致胆囊失去了其原有的膨胀功能。
胆囊的功能缺失，这种情况下胆囊长期的胆囊壁增厚有癌变的风险。萎缩性胆囊炎是属于胆囊癌的癌前病变，有概率出现胆囊癌，所以建议要早期手术治疗，特别是针对胆囊萎缩时间较长的患者，一定要注意。特别要注意密切的随访，在检查前也要注意是否有胆囊肿瘤的可能性，以便决定手术方式是行单纯的胆囊切除，还是必须备胆囊癌根治手术。