坤泰胶囊属于非处方类中成药，上市后的不良反应报告显示，此药按照说明书推荐的剂量和疗程，辨证的合理使用比较安全，患者普遍耐受性良好，不良反应较少。偶见患者服药后出现腹胀、胃痛、恶心、呕吐等胃肠道反应，出现胃肠道不良反应的患者可以饭后服药，以降低胃肠道不良反应的发生率。
还有极少数患者会出现皮疹、瘙痒等不良反应，对此药过敏者禁用，阳虚体质者忌用。过量或者长期服用会增加不良反应发生的频率和程度，因此如需要超量或长期服用，需要在医生的指导下进行。服药过程中如果出现不良反应，应停药并向医生咨询。服药两周症状无改善，应到医院就诊。