替硝唑可以用于厌氧菌的硝基还原酶，此酶在敏感菌株的能量代谢中起着重要作用，因此可以抑制细菌的DNA代谢过程，促使细菌死亡。替硝唑还可以抑制阿米巴原虫的氧化还原反应，使原虫的氮链发生断裂，从而杀死原虫。因此，替硝唑可以用于各种厌氧菌感染、肠道及肠道外阿米阿米巴病、阴道滴虫病、贾第虫病等的治疗，也可以作为甲硝唑的替代药，用于幽门螺杆菌所致的胃窦炎、消化性溃疡的治疗。
此药属于处方药，必须在医生的指导下合理使用。用药期间不应饮酒及含有酒精的饮料，因为此药可能会引起体内乙醛的蓄积，干扰酒精的氧化过程，导致双硫仑样反应，对此药过敏者禁用。