要查明肝功能异常的病因，针对不同的表现和病因采用不同的治疗方法，比如保肝、降黄、抗病毒、降脂等对症治疗，标本兼治。
一、药物治疗
肝功能异常的原因较多，中国以病毒性肝炎、酒精性肝炎、脂肪肝、非酒精性脂肪肝、药物性肝炎等为主。肝功能异常可以选择护肝降酶类药物治疗，效果较好的有异甘草酸镁、水飞蓟宾、复方甘草酸苷、甘草酸二铵、还原型谷胱甘肽等。根据不同原因引起的肝功能异常，可以选择上述不同的护肝药物：
1、酒精性肝病可以选用水飞蓟宾，这一类药物对酒精性肝病效果较好。
2、病毒性肝炎引起的肝功能异常可以选用甘草酸二铵、复方甘草酸苷以及异甘草酸镁等药物保肝降酶。活动性乙肝及丙肝需使用核苷类似物或干扰素抗病毒治疗。
3、脂肪肝引起的肝损害可以选用还原型谷胱甘肽、多烯磷脂酰胆碱等。
二、手术治疗
1、肝脏切除术：如果明确诊断为肝癌，需行肝脏切除手术，完整切除肿瘤病灶。
2、肝移植术：适用于有失代偿肝硬化病史、已经不适合肝脏切除的肝功能异常者。目的是将健康的肝脏供体移植到患者体内，代替患者的肝脏。
三、其他治疗
如果是乙型病毒性肝炎、肝硬化、脂肪肝等疾病引起的肝功能异常，要及时对症治疗。如考虑药物性肝损害，须停止使用可疑药物。如剧烈运动以后、劳累、睡眠不佳等引起的一过性转氨酶升高，常无须用药也可自行恢复，具体原因需具体分析。